卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及患者的主观愿望等因素而定。对卵巢囊肿的治疗基本上分为保守疗法和开刀抽取疗法；卵巢囊肿不同于子宫肌瘤，一经确诊，应立即治疗；现代医学一般采用手术切除囊肿。
A、手术治疗
术前必须作好充分准备，包括患者周身情况的改善，的选择，器械与有关用药以及应急措施等，手术的方式，范围以及具体操作，随患者的年龄及肿瘤的性状，大小，单侧或双侧生长，是否有粘连症或恶性转移而定，有些不能判定者，可取病变组织作活检后再进行。
1、良性卵巢囊肿的手术治疗:
卵巢囊肿切除术，此种患者多无月经障碍，甚至有合并妊娠者，有的一侧肿瘤较显著，则可行患侧输卵管卵巢切除术。
输卵管卵巢切除术，一侧卵巢囊肿发生于年龄较大(45岁以上)患者之双侧卵巢囊肿多行一侧或双侧输卵巢切除术，患者周身情况不能胜任或炎症严重者常行全子宫切除术，值得注意的是关于较大卵巢囊肿的手术处理，应不计切口大小，以完整切除为宜，以免破患者脉搏内容物溢入腹腔或切口，术中要注意患者脉搏呼吸，血压的变动，必要时加速输液或输血，输氧，更要预防早期发现急性胃扩张，麻痹性肠梗阻以及由此而引起的水，电解质平衡失调与血液化学改变。
附件及全子宫切除，发生于近绝经期或绝经期妇女的一侧或双侧卵巢囊肿，患者全身情况不能胜任，均以行双侧附件及全子宫切除为宜，但会严重影响内分泌失调。
2、恶性卵巢囊肿的手术治疗，因患者就诊时多已达晚期，因些要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆，腹腔转移灶。由于卵巢恶性囊肿常与子宫，附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜，故现多采取卷地毯式或包饺子式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除，部分肠切除，部分膀胱，输尿管切除。对于合并腹水的卵巢恶性肿瘤，不论是否全部切除，均宜在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射抗癌药剂或放射性胶体金或胶体磷。
B、中医治疗
中医中药从整体观入手，对机体的气血，经络，脏腑功能进行全面调理，以达气血，经络之通畅，阴阳之平衡的升降浮沉原理，使正气内存，邪不可干的祛邪外出之功。
中药采用调节内分泌，强增免疫辩证施治的方法，采用“软坚散结、活血化瘀、扶正固本”的治疗原则治疗卵巢囊肿，服药方便，见效快，费用低，愈后基本不复发，达到了治病求本、标本兼治的治疗效果，不开刀治疗卵巢囊肿，在临床上取得了很大的进展，取得了很好的疗效。
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